Melalui kegigihannya, pendidikan pesantren kini diakui setara dengan pendidikan umum sesuai jenjangnya. Berkat jasanya, para santri di seluruh Indonesia tidak lagi diwajibkan mengikuti ujian kesetaraan untuk mendapatkan pengakuan formal dari negara.
"Konsistensi beliau pada dunia pendidikan pesantren sangat tinggi. Beliau memastikan bahwa pesantren memiliki standar pendidikan tinggi yang mumpuni," kenang adik kandung almarhum, KH Hamid Fahmy Zarkasyi.
Rumah duka hingga kompleks Keprabon di dalam Pondok Gontor dipadati oleh pentakziah yang terus mengalir hingga Sabtu malam. Sejumlah tokoh nasional, termasuk Prof. Din Syamsuddin, tampak hadir untuk memberikan penghormatan terakhir kepada almarhum.
Setelah disemayamkan dan disalatkan di rumah duka, ribuan santri menggelar doa bersama (tahlil) yang menggema di seluruh area pesantren. Suasana takzim terasa kental saat para santri melepas kepergian guru bangsa tersebut.
Jenazah almarhum tiba di rumah duka di Desa Gontor, Kecamatan Mlarak, Ponorogo, sekitar pukul 20.00 WIB. Isak tangis dan doa dari ribuan santri menyambut kedatangan sang kiai yang dikenal sangat konsisten dalam memperjuangkan martabat pesantren.
Rencananya, jenazah KH Amal Fathullah Zarkasyi dimakamkan di pemakaman khusus keluarga Pondok Gontor pada Minggu (4/1/2026) siang. Hingga berita ini diturunkan, arus pelayat dari berbagai daerah di Indonesia masih terus berdatangan ke Ponorogo untuk memberikan penghormatan terakhir.