Surabaya Gubeng
1. KA Probowangi relasi Surabaya Gubeng - Ketapang
2. KA Pasundan relasi Surabaya Gubeng - Kiaracondong
3. KA Sancaka relasi Surabaya Gubeng - Yogyakarta
4. KA Argo Wilis relasi Surabaya Gubeng - Bandung
5. KA Argo Semeru relasi Surabaya Gubeng - Gambir
6. KA Sancaka relasi Surabaya Gubeng - Yogyakarta
7. KA Gaya Baru Malam Selatan relasi Surabaya Gubeng - Pasar Senen
8. KA Jayakarta relasi Surabaya Gubeng - Pasarsenen
9. KA Sancaka relasi Surabaya Gubeng - Yogyakarta
10. KA Mutiara Selatan relasi Surabaya Gubeng - Bandung
11. KA Bima relasi Surabaya Gubeng - Gambir
12. KA Turangga relasi Surabaya Gubeng - Bandung
13. KA Sancaka Fakultatif relasi Surabaya Gubeng - Yogyakarta
14. KA Arjuno Ekspres relasi Surabaya Gubeng - Malang
15. KA Ranggajati relasi Surabaya Gubeng - Cirebon
16. KA Ranggajati relasi Surabaya Gubeng - Jember
17. KA Logawa relasi Surabaya Gubeng - Purwokerto
18. KA Logawa relasi Surabaya Gubeng - Jember
19. KA Sritanjung relasi Surabaya Gubeng - Lempuyangan
20. KA Sritanjung relasi Surabaya Gubeng - Ketapang
21. KA Wijaya Kusuma relasi Surabaya Gubeng - Cilacap
22. KA Wijaya Kusuma relasi Surabaya Gubeng - Ketapang.
Malang
1. KA Kertanegara relasi Malang - Purwokerto
2. KA Matarmaja relasi Malang - Pasarsenen
3. KA Jayabaya relasi Malang - Surabaya - Pasarsenen
4. KA Gajayana relasi Malang - Gambir
5. KA Brawijaya relasi Malang - Gambir
6. KA Malabar relasi Malang - Bandung
7. KA Majapahit relasi Malang - Pasarsenen
8. KA Tawangalun relasi Malang Kotalama - Ketapang
9. KA Arjuno Ekspres relasi Malang - Surabaya Gubeng.