Kongres Rakyat Kalimantan Tengah (KRKT) pun digelar di Palangka Raya pada 4-7 Juni 2001. Peserta kongres dari Dayak garis keras dan Dayak garis lemah.
Keduanya memiliki pendapat yang saling berlawanan. Dayak garis keras menolak etnis Madura untuk kembali, sedangkan Dayak garis lemah memperbolehkan namun dengan beberapa persyaratan yang dipenuhi.
Akhirnya kedua etnis sepakat berdamai. Warga Madura yang mengungsi diperbolehkan kembali ke Kalimantan Tengah. Namun, Pemprov Kalimantan Tengah saat itu menerbitkan Perda Nomor 5 Tahun 2004 yang mengatur permasalahan pengungsi konflik Sampit.
Peraturan itu memuat beberapa poin, salah satunya warga Madura yang kembali ke Kalimantan Tengah harus menjunjung tinggi falsafah "Belom Bahadat" dan "di mana bumi dipijak di situ langit dijunjung.
Pada tahap awal pemulangan, warga Madura yang berprofesi sebagai anggota DPRD, mahasiswa, dosen, dan PNS menjadi yang pertama kali dipulangkan ke Kalimantan Tengah. Sebab, mereka dipandang bukan sebagai pihak yang berpotensi menyebabkan kerusuhan susulan.