Pada mulanya dia dapat menghindari serangan para pemberontak dan berbagai senjata tidak mempan, tetapi karena sedemikian banyak senjata yang mengenai tubuhnya, akhirnya hancur bagian dalamnya dan kemudian roboh, tak lama kemudian tewas.
Setelah tahu Mas Tumenggung Jogonagoro meninggal, para pemberontak bersorak-sorak keluar dari pendopo kabupaten, kemudian saling mengajak merampok dan membakar rumah-rumah. Begitulah akhir tragis Bupati Pacitan yang baru menjabat 40 hari.
Tewasnya sang bupati membuat anak sulung Mas Tumenggung Jogokaryo bernama Mas Karyodipuro naik tahta. Mas Karyodipuro kemudian berganti nama menjadi Mas Tumenggung Jogokaryo II yang menjabat antara 1826 - 1850.