“Begitu saya selesai melatih prajurit-prajurit Peta tersebut, kami diperintahkan bubar,” kata Soeharto dalam memoarnya seperti dikutip dari buku Soeharto Di Bawah Militerisme Jepang.
Dua hari kemudian atau 19-20 Agustus 1945, terjadi peristiwa yang membuat Soeharto semakin bingung. PETA dinyatakan telah dibubarkan disusul pelucutan senjata oleh Tentara ke-16 Angkatan Darat Jepang. Sebanyak 13.000 pucuk senjata diserahkan tanpa terjadi insiden.
Yang diketahui Soeharto, sesudah kesatuan-kesatuan PETA menyerahkan senjata, sejumlah perwira tentara Jepang tiba-tiba muncul secara rahasia di lerang Gunung Wilis. Mereka mengabarkan bahwa tentara Peta telah dibubarkan.
Para prajurit PETA, termasuk Soeharto dan rekan-rekanya dibebaskan pulang ke tempat asal masing-masing. Mereka mendapat bayaran enam bulan gaji, ditambah jatah pakaian serta bahan makan berupa beras, garam dan gula.
Soeharto merupakan salah satu dari 2.150 perwira PETA yang dibubarkan sekaligus dilucuti Jepang. Soeharto yang tidak memiliki hubungan dengan para pemimpin gerakan nasionalis kemudian memutuskan pulang ke Yogyakarta.