Pada bulan Juli 1965, Poppy Sjahrir beserta 2 anaknya, membawa Sutan Sjahrir ke Zurich, Swiss. Sjahrir mendapat penanganan tenaga medis luar negeri. Namun para dokter asing itu juga tak mampu berbuat banyak. Kemampuan bicara dan menulis Sjahrir tetap tak bisa dikembalikan.
Setelah kurang lebih 9 bulan menjalani perawatan di Swiss, pada 9 April 1966 Sutan Sjahrir dinyatakan tutup usia. Founding father bangsa Indonesia itu wafat dengan masih menyandang status tahanan politik.
Sepuluh hari setelah kematiannya, yakni 19 April 1966, jenazah Sutan Sjahrir tiba di tanah air. Ia dimakamkan di Taman Makam Kalibata, Jakarta. Presiden Soekarno mengeluarkan keputusan Sutan Sjahrir sebagai Pahlawan Nasional.
Dalam buku Soebadio Sastrosatomo Pengemban Misi Politik, Soebadio mengatakan, Sjahrir tidak pernah membenci Soekarno, meski keduanya berbeda pandangan politik.
Bahkan Sjahrir meminta kader PSI Soedjatmoko untuk membantu Soekarno, jika memang terbuka kesempatan. Dari situ kemudian lahir konsep ekonomi DEKON atau Deklarasi Ekonomi jelang pertengahan tahun 1963.
“Sjahrir tidak pernah membenci Soekarno. Dia sungguh-sungguh kalau soal Soekarno itu, meskipun dia ditahan oleh Soekarno”.