Candi Jolotundo biasanya digunakan oleh umat Hindu untuk melaksanakan ibadah melasti atau mensucikan diri sebelum Hari Raya Nyepi. Selain itu pada bulan suro, orang-orang penganut kepercayaan atau Islam kejawen juga kerap melakukan upacara ruwatan di Candi Jolotundo.
Saat itu mereka biasanya juga melakukan ritual memandikan pusaka. Air Jolotundo dipilih karena dipercaya memiliki kekuatan magis.
Konon, air Jolotundo juga bisa membuat awet muda. Itu sebabnya, banyak pengunjung datang ke tempat itu untuk mandi atau bahkan meminumnya.
Berdasarkan penilitian tahun 1995, air Jolotundo termasuk ranking nomer dua di dunia dilihat dari kandungan mineral yang tinggi. Air dengan kandungan mineral tinggi bagus untuk kesehatan, untuk menyembuhkan penyakit terutama penyakit dalam, kolesterol dan masih banyak lagi.