Di sisi lain orang Jawa sendiri sangat mahir dan gigih. Berbekal peralatan seadanya, para gerilyawan Jawa terus merepotkan dan membuat letih musuhnya. Bahkan para pejuang gerilya ini hampir tidak memberi kesempatan terjadinya pertempuran biasa.
Hal ini yang terus dimanfaatkan oleh pasukan Pangeran Diponegoro untuk menumpas Belanda, dan menguasai sejumlah tempat. Bahkan pasukan Pangeran Diponegoro ini bergerak leluasa memanfaatkan keterbatasan pasukan Belanda.
Desa-desa di Mataram berhasil diduduki. Tempat-tempat kunci yang kuat pun juga turut diduduki pasukan Pangeran Diponegoro, di antaranya Keraton Tua Amangkurat I di Plered dikuasai.
Alhasil ketika pasukan Belanda berusaha kembali merebut tempat-tempat yang dikuasai Pangeran Diponegoro memerlukan waktu yang cukup lama. Pasukan Belanda di bawah Kolonel Frans David Cochius, perwira zeni paling berpengalaman yang jadi bawahan Jenderal De Kock, perlu waktu tiga bulan menaklukkannya.
Para prajurit unggulan Belanda ini terlihat kesulitan mengalahkan 400 pasukan Pangeran Diponegoro, yang mempertahankannya dapat dikalahkan dalam pertempuran yang paling berdarah.
Konon di peristiwa perebutan kembali istana Plered dan beberapa tempat di Mataram oleh pasukan Belanda, membuat hampir seluruh prajurit pasukan Pangeran Diponegoro gugur, kecuali ada 40 orang yang berhasil selamat, termasuk sang pangeran sendiri.