Sikap menentang Gerakan 30 September 1965 oleh NU ini merupakan yang terdepan. Dan dugaan PKI sebagai dalang di belakang Gerakan 30 September 1965 semakin kuat.
Pada 2 Oktober 1965 editorial Harian Rakjat, yakni surat kabar PKI menurunkan laporan mendukung Gerakan 30 September 1965. Disebutkan Gerakan 30 September 1965 untuk menyelamatkan revolusi dari kudeta yang akan dilakukan Dewan Jenderal.
Selain mengeluarkan pernyataan sikap, NU juga menyusun sejumlah langkah strategis untuk menghadapi situasi krisis yang terjadi. “Langkah ini diambil selain untuk menciptakan ketentraman di masyarakat juga sebagai langkah untuk menyelamatkan negara”.
Seiring dengan itu pasukan RPKAD yang dipimpin oleh Sarwo Edhie Wibowo bergerak. Stasiun RRI yang sebelumnya dikuasai oleh Dewan Revolusi berhasil direbut kembali.
Sejumlah pimpinan, kader, dan seluruh simpatisan PKI diburu dan ditangkap. Pimpinan tertinggi PKI DN Aidit, Njoto dan Letkol Untung Sutopo ditembak mati. Pada 12 Maret 1966, PKI dibubarkan sekaligus dinyatakan sebagai partai terlarang.