Oleh tentara, Lubang Buaya langsung dibongkar. Kendati demikian tidak mudah mengevakuasi jenazah para perwira tinggi AD. Karena kendala tekhnis, evakuasi jenazah baru bisa dilakukan pada 4 Oktober 1965.
Proses evakuasi melibatkan pasukan Kesatuan Intai Para Amphibi (Kipam) Marinir. Ruang sempit dan dalamnya Lubang Buaya membuat proses evakuasi jenazah tidak mudah dan sempat terhenti.
Dilansir dari catatan Tionghoa Dalam Sejarah Kemiliteran Sejak Nusantara sampai Indonesia, pada awal proses evakuasi banyak petugas yang kehilangan kesadaran karena terpapar gas beracun. “Banyak petugas yang pingsan akibat gas beracun di dalam sumur”.
Agar tidak kembali keracunan, tim evakuasi menyiapkan masker, aqualung, dan ICAM 48. Seluruh tim menggunakan sistem adaptasi, yakni mengambil nafas dan udara pada setiap selang jarak tertentu dengan dibantu masker.
Diputuskan evakuasi jenazah menggunakan tali, yakni jenazah diikat dan kemudian ditarik ke atas. Pada pukul 13.40 Wib 4 Oktober 1965, seluruh jenazah perwira tinggi AD korban G30S PKI berhasil diangkat dari Lubang Buaya.
Para pahlawan revolusi tersebut yakni Jenderal Ahmad Yani, Letnan Jenderal Suprapto, Letnan Jenderal S. Parman, Letnan Jenderal M.T Haryono, Mayjen D.I Panjaitan, Brigjen Sutoyo, dan Kapten Pierre Tendean.
Pascaperistiwa G30S PKI, para pimpinan, kader dan seluruh simpatisan PKI diburu dan ditangkap. Ketua CC PKI DN Aidit, Njoto dan Letkol Untung Sutopo dieksekusi mati.
Pada 12 Maret 1966 PKI secara resmi dibubarkan dan dinyatakan sebagai partai terlarang.