Di SMAN 5 Surabaya, Ainun mampu menorehkan prestasi di bidang teknologi dan informasi (TI), yakni menjadi anggota tim Indonesia dalam Olimpiade Matematika Asia Pasifik 2003, dan meraih honorable mention.
Lulus dari SMA, dia melanjutkan pendidikan sarjana di Universitas Teknologi Nanyang (NTU), Singapura, dengan jurusan computer engineering.
Di Singapura, Ainun Najib bergabung mewakili NTU dalam perlombaan pemprograman ACM ICPC tahun 2006-2007 bersama dua mahasiswa Indonesia lainnya.
Tim ini menjuarai ACM ICPC level regional Asia di Teheran, Iran (2006), dan ikut bertanding di level dunia di Tokyo, Jepang (2007).
Setelah lulus, ia bergabung dengan IBM Singapura sebagai software engineer dan setelah itu menjabat sebagai konsultan senior.