Kedekatannya dengan ulama terkemuka seperti KH Abdurrahman Wahid dan KH Hasyim Muzadi, yang keduanya merupakan mantan Ketua Umum PBNU, mencerminkan pengaruh besar yang dimilikinya dalam lingkungan NU.
Dalam akun Twitter NU Online, disebutkan jika selain mendirikan Museum NU di Surabaya, Cak Anam pernah menakhodai Partai Kebangkitan Nasional Ulama (PKNU) antara kurun waktu 2005-2015.