Sebelumnya diberitakan, ledakan bom terjadi di tiga lokasi, yakni di Gereja Santa Maria Jalan Ngagel Surabaya, GKI Diponegoro Surabaya, dan GPPS Jalan Arjuno Surabaya. Dari 11 korban tewas, diketahui empat orang berasal dari Gereja Santa Maria, empat orang dari GPPS Jalan Arjuno, dan dua orang lainnya dari GKI Diponegoro.
Bom bunuh diri di GKI Diponegoro terjadi sekitar pukul 07.15 WIB. Menurut keterangan saksi yang dihimpun polisi, pelaku ibu dan dua anak.
Selain di GKI Diponegoro Surabaya, pada waktu yang hampir bersamaan, sekitar pukul 08.00 WIB pagi tadi, bom bunuh diri juga menyerang dua gereja lainnya di Jalan Ngagel Madya dan Jalan Arjuno Surabaya.