Keesokan paginya setelah salat subuh Sunan Ampel menanyakan kepada para santrinya perihal siapa di antara mereka yang ujung sarungnya terikat. Lantas Sunan Giri pun menjawab pertanyaan dari Sunan Ampel. Dari sanalah ia tahu bahwa satu santrinya itu bukan anak sembarangan.
Sunan Ampel tahu bahwa santrinya tersebut merupakan anak dari seorang bangsawan atau raja. Dia pun menanyakan seluk beluk Joko Samodra kepada Nyai Gede Pinatih, ibu angkat dari Sunan Giri muda.
Setelah mendapat penjelasan asal mulai Joko Samodra ditemukan di tengah lautan, maka Sunan Ampel pun mengerti bahwa santrinya itu merupakan anak dari saudara sepupunya sendiri Syeikh Maulana Ishak.
Sunan Ampel pun teringat pesan Syeikh Maulana Ishak sebelum meninggalkan Gresik menuju Pasai Aceh. Satu pesan yang diingat Sunan Ampel yakni memberi nama anaknya dengan nama Raden Paku. Dari sanalah akhirnya nama Joko Samodra yang diberikan oleh sang ibu angkatnya Nyai Gede Pinatih diubah oleh Sunan Ampel, sesuai pesan dari sang ayah kandung Sunan Giri.
Sejak saat itu Sunan Ampel begitu menyayangi Raden Paku. Dia diberi pelajaran agama Islam dengan sungguh-sungguh dan matang. Beberapa ilmu keislaman mulai dari Fiqih, Ilmu Tauhid, Alquran, dan sebagainya diajarkan kepada Sunan Giri muda.