Dikisahkan pada Babad Sengkala, Pangeran Hanyakrawati sendiri yang turun langsung memimpin penyerangan ke Surabaya. Sejarah mencatat tahun 1610 Mataram kembali menginvasi Surabaya untuk kedua kalinya, setelah sebelumnya di masa Panembahan Senopati.
Perang tak terhindarkan, Hanyakrawati dan pasukannya merangsek masuk ke daerah perbatasan barat Surabaya, sebagai percobaan sekaligus untuk mengukur kekuatan Surabaya. Lalu pada tahun 1612 dilanjutkan serangan ke Lamongan, yang menjadi wilayah kekuasaan Surabaya lainnya. Serangan ini dipimpin oleh Adipati Martalaya, dari Kerajaan Mataram.
Hingga tahun yang 1613, serangan Mataram kian dekat ke Surabaya. Pada tahun yang sama inilah Gresik berhasil ditaklukkan. Hal ini membuat Tuban dan Pati turut takluk ke Mataram. Serangan dalam waktu tiga tahun membuat Mataram memetakan kekuatan militer Surabaya, termasuk mengetahui titik-titik kelemahannya.
Kondisi teritorial wilayah Surabaya yang banyak diliputi rawa, hutan dan benteng pertahanan bekas Kerajaan Majapahit, menjadikan Mataram bekerja keras. Tetapi ekspansi Mataram di bawah Hanyakrawati tidak berhasil menaklukkan Surabaya. Serangan-serangan prajurit Mataram hanya memperlemah perekonomian Surabaya saja, tetapi tidak bisa menaklukkan dan menjatuhkan kota tersebut.
Perekonomian Surabaya merosot tajam karena daerah-daerah yang dulunya lumbung padi banyak jatuh ke tangan Mataram. Meksipun demikan, Surabaya secara politik masih tegak berdiri. Alhasil hingga akhir hayat Hanyakrawati, dia gagal menaklukkan Surabaya.