Namun, Diponegoro enggan menyerahkan dokumen yang tersimpan dalam arsip pribadinya, sambil betul-betul menekankan agar dokumen itu dijaga dengan baik. Tapi menurut beberapa cerita dan sumber, saat raja muda ini kembali ke keraton, Diponegoro justru langsung membakar dokumen itu. Hal ini untuk menghilangkan jejak bukti-bukti yang dapat mengancam takhtanya.
Hal ini pula yang menjadikan Pangeran Diponegoro mempercepat penolakannya untuk terus melakukan tugas-tugasnya dengan baik sebagai wali. Kondisi ini bermuara pada putusnya hubungan antara Pangeran Diponegoro dengan Keraton Yogyakarta.
Dengan demikian, Sultan keempat Yogya telah melakukan sebuah tindakan yang mengakibatkan terjadinya bencana di masa depan.
Pada 6 Desember 1822, Sultan Hamengkubuwono IV wafat. Dia meninggal dunia setelah melakukan perjalanan pulang dari salah satu tempat peristirahatannya.
Cara meninggal adik Pangeran Diponegoro ini juga konon dinilai tidak wajar. Tubuhnya mendadak membengkak, suatu petunjuk, menurut dugaan beberapa orang di masa itu, bahwa ia diracun.
Tetapi isu itu tidak bisa dikonfirmasi kebenarannya atas dugaan itu. Tubuhnya Sultan Hamengku Buwono IV di akhir hayatnya tubuhnya kian gemuk. Kegemarannya makan makanan berbumbu, serta sikapnya yang selalu memaksakan diri naik ke sadel kuda, telah memberinya serangan jantung pada usia masih sangat muda, yakni 18 tahun.
Gaya hidupnya yang mempertontonkan hasrat hati karena pengaruh residen Belanda Nahuys Van Burgst dan asistennya R.C.N d'Abo membawanya kian cepat meninggal dunia. Sultan Hamengkbuwono IV merupakan raja pertama yang bergaya hidup kebarat-baratan yang melanda keraton-keraton Jawa selatan-tengah pasca 1816.
Hal ini yang menjadikan pula Pangeran Diponegoro begitu kurang menghargai dan memutuskan hubungan dengan keraton di bawah kepemimpinan Sultan Hamengkubuwono IV.