Partai Masyumi dinyatakan bubar pada 13 September 1960. Untuk pembubaran Masyumi yang dituding terlibat gerakan PRRI/Permesta, Presiden Soekarno atau Bung Karno mengeluarkan keputusan Presiden nomor 200 tahun 1960.
Sebelumnya pada 5 September 1958 Presiden Soekarno telah mengeluarkan peringatan tentang larangan terhadap sejumlah partai politik dan organisasi, termasuk Masyumi di sejumlah daerah.
Larangan itu terkait dengan adanya gerakan PRRI (Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia) di Sumatera yang dianggap makar terhadap pemerintahan Soekarno.
Sejumlah tokoh Masyumi ditangkap sekaligus menjadi tahanan politik karena dituding terlibat dalam pemberontakan PRRI yang didukung Amerika Serikat. Para tokoh itu di antaranya Buya Hamka, Moh Roem dan Prawoto Mangkusasmito
Masyumi melalui Moh Roem dan Prawoto sempat mengajukan gugatan ke Pengadilan Negeri Istimewa Jakarta, namun pihak pengadilan tidak berani menangani.
Para tokoh Masyumi baru menghirup udara bebas setelah kekuasaan Soekarno tumbang dan digantikan rezim Orde Baru.