Pasca memperoleh gelar sarjana, dia juga mendapat letter of acceptance untuk melanjutkan kuliah S2 di Prodi Magister Pendidikan Agama Islam Unissula.
Rektor Unissula Prof Dr Gunarto SH MH yang menjadi ketua majelis sidang skripsi memuji kualitas skripsi Gus Miftah. Judul skripsinya Pendidikan Islam Berwawasan Kebangsaan Berbasis Metode Al Mizah Al Miftahiyyah.
“Unissula mendapat rahmat dari Allah SWT khususnya Fakultas Agama Islam Unissula karena dipercaya menguji ulama besar yang sangat dekat dengan umat juga dekat dengan pemerintah. Skripsinya sangat bagus karena beliau menulis dan mengembangkan penelitian berdasarkan realitas dakwah yang dilakukannya yang terbukti efektif di masyarakat,” kata Prof Gunarto.