Kemudian tujuh menit babak kedua berlangsung , Eka Febri masuk untuk menggantikan Guntur Triaji. Dua menit kemudian, Wahyu Prasetyo, Fredyan Wahyu, dan Hari Nur Yulianto masuk untuk menggantikan Kartika Vedhayanto, Taufik Hidayat, dan Oktafianus Fernando.
Sama seperti babak pertama, PSIS U20 kembali unggul setelah memanfaatkan kesalahan penjaga gawang PSIS Senior.
Setelah PSIS U20 unggul dengan skor 2-1, PSIS kembali mengganti pemain dengan memasukkan Jonathan Cantillana, Frendi Saputra, dan Wahyu Tri Nugroho untuk mengganti Reza Irfana, Bahril dan Yofandani.
Setelah gol tersebut, PSIS Senior terus mengurung PSIS U20 dan membuahkan hasil melalui gol yang dicetak Jonathan memanfaatkan solo run Frendi Saputra.
15 menit akhir babak kedua, PSIS memasukkan tiga pemain asing yakni Alie Sesay, Taisei Marukawa, dan Carlos Fortes untuk menggantikan Eduardus, Damas, dan Andreas.