Setelah ditangkap di Magelang, Pangeran Diponegoro sempat diasingkan di Gedung Karesidenan Semarang yang berada di Ungaran, sebelum akhirnya dibawa ke Batavia pada tanggal 5 April 1830 dengan menggunakan kapal Pollux.
Pangeran Diponegoro tiba di Batavia pada 11 April 1830 dan ditawan di stadhuis sekarang bernama Gedung Museum Fatahillah.
Dari Batavia, Pangeran Diponegoro kemudian dipindahkan ke Manado pada tanggal 30 April 1830 dan tiba pada tanggal 3 Mei 1830 untuk kemudian ditawan di Benteng Nieuw Amsterdam.
Pada tahun 1834, Pangeran Diponegoro dipindahkan ke Makassar dan terus diasingkan hingga wafat di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Perang Diponegoro yang terjadi selama 5 tahun menimbulkan dampak yang cukup besar. Bahkan Perang Diponegoro atau Perang Jawa disebut sebagai salah satu bagian perubahan yang besar di dunia pada akhir abad ke-18 dan awal abad ke-19.
Akibat perang ini, penduduk Jawa yang tewas mencapai sekitar 200.000 jiwa, sementara korban tewas di pihak Belanda berjumlah 8.000 tentara Belanda serta 7000 serdadu pribumi.
Selain itu, Kekalahan Pangeran Diponegoro menegaskan penguasaan penjajah Kolonial Belanda atas Pulau Jawa, sehingga menyebabkan Raja dan Bupati di Jawa harus tunduk kepada Pemerintahan Kolonial Belanda.