Pada 2014, pada masa kepemimpinan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, Gatot pun diangkat menjadi Kepala Staf TNI Angkatan Darat ke-30. Pada 2015, di bawah kepemimpinan Presiden Joko Widodo, Gatot pun dilantik menjadi Panglima Tentara Nasional Indonesia (TNI) ke-16 menggantikan Jenderal TNI Moeldoko.
Gatot bersama tokoh pemerintahan lainnya beserta para aktivis sosial bergabung dalam aksi untuk mendukung toleransi beragama selama periode unjuk rasa di Jakarta pada November 2016. Gatot pun dikenal sebagai sosok purnawirawan yang religius dan dekat kepada para ulama di Indonesia. Setelah sempat "menghilang" dan beberapa kali namanya muncul di pemberitaan, akhirnya pada pada 18 Agustus 2020 di Tugu Proklamasi, Jakarta Pusat, Gatot bergabung dan menjadi salah satu deklarator KAMI (Koalisi Aksi Menyelematkan Indonesia) bersama Din Syamsuddin dan para tokoh-tokoh nasional lainnya.
Bergabungnya Gatot pada KAMI karena keresahannya ketika mengetahui muncul RUU Haluan Ideologi Pancasila (RUU HIP) yang saat ini telah berubah menjadi RUU BPIP. KAMI merupakan gerakan moral yang bertujuan menegakkan kebenaran dan menciptakan keadilan bagi masyarakat.