Pengajian diadakan atas seizin kepala dusun setempat berinisial PY yang juga selaku pelapor. Seiring berjalan waktu, kegiatan pengajian S yang diikuti warga, namun ajaran yang dibawa diduga menyimpang dari ajaran Islam, sehingga kemudian ditentang warga sekitar.
Kelompok Khilafatul Muslimin kemudian muncul lagi pada 2021, dengan caranya mendirikan bangunan dan menggunakan gedung untuk kegiatan pendidikan Madrasah Ibtidaiyah Usman Bin Affan Pondok Pesantren Ukhuwah Islamiah (PPUI) Khilafatul Muslimin.
"Pendirian madrasah ternyata tanpa ada izin dari pemerintah dan mendapatkan protes warga, sehingga kemudian dilaporkan ke polisi, yang langsung melakukan langkah hukum," katanya.
Polisi dalam kasus tersebut berhasil mengamankan sejumlah barang bukti, antara lain satu buku materi kurikulum, lima buku materi kegiatan belajar, dan surat pernyataan kesanggupan orang tua santri tentang mengikuti kegiatan belajar di PPUI Madrasah Ibtidaiyah.
Kegiatan kelompok Khilafatul Muslimin di Wonogiri tersebut, kata Kapolres, telah melanggar pasal 71 Undang-Undang RI nomor 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, pasal 65 UU RI no.11 tahun 2020 tentang Cipta Kerja.
Oleh karena itu, kegiatan PPUI Khilafatul Muslimin tersebut telah dihentikan. Sedangkan, para santri yang berusia 5 hingga 7 tahun telah dikembalikan ke orang tua dan mendapatkan pendampingan dari Balai Pemasyarakatan (BAPAS) Unit Pelaksana Tehnis Daerah (UPTD), Perlindungan Perempuan dan Anak (PPA) dan Dinas Sosial (Dinsos) Wonogiri.