Saat ini operasional dan layanan KRL Jogjakarta-Solo tetap berjalan normal dimulai pukul 05.00-18.30 WIB dengan 20 perjalanan per harinya. KAI Commuter mengoperasikan 3 rangkaian KRL dengan formasi 8 kereta dalam satu rangkaian (SF 8).
Sedangkan untuk operasional pelayanan Prameks Jogjakarta-Kutoarjo PP, KAI Commuter mengoperasikan 8 perjalanan per harinya dengan jam operasional mulai pukul 05.15-17.35 WIB. Pihaknya yang menggunakan 2 rangkaian Kereta dengan jumlah 5 kereta dalam satu rangkaian (SF 5).
KAI Commuter tetap menerapkan protokol kesehatan yang ketat di KRL maupun Prameks. Pengguna diwajibkan menggunakan masker ganda dengan salah satunya adalah masker medis dilapis dengan masker kain sebagaimana yang direkomendasikan para dokter dan Kementerian Kesehatan.
Pengguna juga wajib selalu menjaga jarak, dan mencuci tangan sebelum maupun sesudah naik kereta. Syarat untuk menggunakan KRL yang juga wajib diikuti adalah menunjukkan sertifikat vaksin.
Sertifikat vaksin dapat ditunjukkan kepada petugas secara fisik (dicetak) maupun secara digital, atau melalui scan kode QR yang ada di stasiun dengan aplikasi PeduliLindungi. Scan kode QR juga dapat dilakukan melalui aplikasi lainnya yang sudah terintegrasi dengan aplikasi PeduliLindungi.