Tahun 1948 terjadi agresi militer Belanda kedua sehingga pabrik tidak beroperasi. Tahun 1950 pabrik baru berproduksi kembali. Berdasarkan surat keputusan pemerintah Indonesia yang menetapkan bahwa semua perusahaan milik Belanda diambil alih oleh Pemerintah Republik Indonesia.
Maka pada bulan Desember 1957 Pabrik Gula Gondang Winangoen sepenuhnya menjadi milik Pemerintah Republik Indonesia yang pengelolanya diserahkan kepada PPN baru (Perusahaan Perkebunan Negara) unit Semarang yang dipimpin oleh R. Iman Soempono (1957-1960) dan nama Pabrik Gula Gondang Winangoen diganti menjadi Pabrik Gula Gondang Baru.
Dengan adanya peraturan Pemerintah No. 14 tahun 1968 tertanggal 13 April tahun 1968, yang menyatakan bahwa PPN Jawa Tengah V dibubarkan dan dibentuk PNP ( Perusahaan Negara Perkebunan) XVI yang berkedudukan di Solo dan Pabrik Gula Gondang Baru masuk ke dalam PNP XVI.
Begitulah kisah misteri dan sejarah berdirinya pabrik gula Gondang Klaten. Semoga bisa menambah wawasan tentang keberadaan pabrik gula Gondang di Klaten.