Sekretaris Desa Pekuncen Eko Prasetyo mengatakan, masjid tersebut didirikan tahun 1722 yang merupakan bukti perjuangan masyarakat terhadap penjajahan Belanda kala itu. Selain itu keberadaan masjid ini juga tidak terlepas dari sejarah Kabupaten Kebumen.
Dari kisah yang ada saat itu, Kertowecono III yang menjabat sebagai adipati diminta kembali ke Keraton Surakarta untuk menjadi patih dengan gelar Adipati Mangkuprojo sekitar tahun 1719.
Sebelum wafat, Adipati Mangkuprojo sempat berwasiat ketika meninggal untuk dimakamkan di Desa Pekuncen dan minta dibangunkan sebuah masjid.
"Inilah bangunan masjid itu yang dinamakan Masjid Saka Tunggal. Saka tunggal juga mengandung makna sebagai tempat untuk meyakini bahwa Allah SWT itu tunggal atau esa," ujarnya, Sabtu (16/3/2024).
Dalam kaitannya dengan sejarah perjuangan, masjid itu juga menjadi simbol satu tekad untuk mengusir penjajah dari bumi Indonesia.