Berdasarkan cacatan, sejarah Masjid Damarjati didirikan oleh Kiai Ronosetiko dan Kiai Sirojudin yang diyakini merupakan orang dari Kejaraan Mataram. Masjid Damarjati dibangun di tengah kecamuk perang antara Pangeran Diponegoro dan pemerintah kolonial Belanda.
Konon, pembangunan masjid ini merupakan bagian dari strategi Kiai Ronosetiko dan Kiai Sirojudin untuk mengalahkan Belanda sekaligus melakukan syiar Islam di Salatiga.
"Berdasarkan cerita yang dikisahkan sejumlah orang tua dulu, Kiai Ronosetiko dan Kiai Sirojudin adalah panglima perang Laskar Diponegoro. Namun beliau memilih melakukan perlawanan dengan cara gerilya," kata warga Krajan, Yahya.
Supaya tak dicurigai Belanda, kedua tokoh tersebut membuka perkampungan baru bersama laskarnya. Kiai Sirojudin membuka perkampungan di Dukuh Krajan. Sementara Kiai Ronosentiko babat alas di daerah Bancaan, sekitar tiga kilometer jauhnya dari Krajan.
Belakangan, Kiai Sirojudin mengganti namanya menjadi Damarjati. Hal itu terpaksa dilakukan karena dia berserta Kiai Ronosentiko merupakan sosok yang diburu Belanda.