Sejumlah aturan di masa pandemi Covid-19 tetap diterapkan bagi pengguna KRL. Antara lain wajib memakai masker, mencuci tangan, dan menjaga jarak. Pengguna diimbau untuk tidak berbicara, baik secara langsung maupun melalui telepon genggam.
Hal ini untuk meminimalisir kemungkinan penyebaran Covid-19 melalui droplet atau cairan yang keluar dari mulut dan hidung. Pengguna KRL diminta untuk tidak makan dan minum.
Untuk memaksimalkan upaya jaga jarak, KAI Commuter membatasi kapasitas pengguna yaitu 74 orang per kereta dengan melakukan antrean penyekatan di stasiun bila kondisi padat. Para pengguna bisa mengetahui informasi jadwal, posisi kereta, dan pantauan kepadatan di stasiun melalui aplikasi KRL Access.