Ketika bertemu Mbah Bantarbolang, ia lalu diizinkan tinggal di rumahnya. Melihat Syekh Pandan Jati adalah orang yang baik, akhirnya diangkat menjadi murid dan digembleng menjadi pribadi yang sangat tangguh secara lahir dan batin.
Mbah Bantarbolang juga memiliki murid selain Syekh Pandan Jati, yaitu Syekh Palintaran. Setelah keduanya mewarisi ilmu, lalu diuji sang guru guna mencari penerus pemimpin di padepokan itu.
Dengan maksud memberikan kesempatan pada kedua muridnya untuk memimpin secara bersama-sama, Mbah Bantarbolang diam-diam meninggalkan padepokan.
Namun, kepergiannya membuat mereka merasa kehilangan. Semua murid berusaha mencari, dan Syekh Pandan Jati yang memiliki mata batin lebih tajam dari murid yang lain, berhasil menemukan keberadaan gurunya.
Mereka lalu meminta Mbah Bantarbolang untuk kembali namun tidak mau. Bahkan meminta kepada Syekh Pandan Jati untuk memimpin padepokan itu. Sebagai murid yang berbakti, dia melaksanakan titah sang guru untuk memimpin padepokan hingga akhir hayatnya.
Sebagian masyarakat setempat berpendapat, makam Syekh Pandan Jati ada di Bantarbolang. Namun sebagian menyebut jika di tempat itu hanyalah petilasan saja.
Beberapa sumber menyebutkan, bahwa Syekh Pandan Jati berkelana ke wilayah selatan untuk menyebarkan agama Islam lalu kembali ke Mataram, setelah diketahui bahwa tuduhan korupsi kepadanya keliru atau tidak benar.