Soekarno meminta prajurit yang pernah bergabung ke dalam PETA, Heiho, Keibodan, maupun prajurit yang pernah berlatih di masa pendudukan Belanda untuk membantu BKR. Pengendalian BKR sendiri tidak dilakukan secara terpusat, melainkan daerah per daerah.
Keterlambatan Indonesia dalam mengendalikan rakyat Indonesia, membuat NICA bergerak dan menyertakan orang-orang Indo dan keturunan Ambon ke dalam pasukan militer Indonesia pada 19 September 1945.
Terdapat beberapa oknum tidak menyukai persekutuan dengan NICA. Meletuslah konflik antara kelompok pemuda Menteng yang banyak berasal dari Ambon keturunan Indo dengan barisan pelopor.
Untuk mempersiapkan proklamasi di daerah Jawa Tengah, dibentuklah Angkatan Muda Republik Indonesia (AMRI) yang berhasil merebut persenjataan tentara Jepang. Tidak hanya itu, mereka juga berhasil menyerang patroli Jepang dan membunuh 150 orang Jepang di penjara Bulu.
Pasca peristiwa tersebut, Jepang kedatangan sekutu yang mendarat di Semarang pada Oktober 1945. Kejadian ini membangkitkan kepercayaan diri tentara Jepang.