Rencana pembangunan Jalan Tol Bawen-Yogyakarta mendapat penolakan dari Panitia Khusus Revisi Peraturan Daerah Rencana Tata Ruang dan Wilayah (RTRW) DPRD Jateng dengan beberapa pertimbangan.
Pertimbangan itu antara lain, posisi jalan tol itu ekuivalen dengan jalan tol yang sedang dikerjakan yaitu Semarang-Solo-Yogyakarta. Kemudian, pembangunan Jalan Tol Bawen-Yogyakarta akan mengurangi lahan basah atau pertanian produktif seluas 350 hektare, biaya pembangunan jalan tol sepanjang 70 kilometer itu cukup besar, dan jalur pembangunan jalan tol merupakan jalur rawan gempa bumi.
Pansus menyarankan pemerintah lebih serius mengembangkan sarana transportasi massal berupa reaktivasi jalur kereta api Semarang-Yogyakarta.
Dari sisi investasi, pembangunan jalur kereta api per kilometer hanya butuh Rp25 miliar hingga Rp30 miliar, sedangkan jalan tol kebutuhan dananya Rp150 miliar per kilometer.