Sebelum kegiatan sterilisasi dari tim penjinak bom, semua sudah memeriksa persiapan terkait protokol kesehatan di gereja-gereja itu. Jumlah tempat cuci tangan memadai, namun harus mewaspadai kerumunan jemaat di tempat-tempat mencuci tangan.
Harus ada petugas yang mengawasi dan mengatur. Selain itu, potensi kerumunan juga fokus saat pintu masuk gereja yang jaraknya harus satu meter, dan di tempat duduk gereja jarak sudah dibatasi dengan tanda-tanda tertentu sehingga prosedur kesehatan bisa terjaga.
Jumlah jemaat yang akan mengikuti setiap ibadah Natal di Gereja Paroki Santo Paulus Kleco, Laweyan dibatasi, kurang dari 50 persen dari kapasitas ruangan. Jadwal misa Natal pertama 1.100 jemaat dan kedua 800 jemaat dari total 3.500 jemaatnya.