Metode dakwah yang digunakan Sunan Kudus masih melebur dengan tradisi masyarakat yang berbau animisme dan dinamisme. Dakwah Sunan Kudus ini tidak bersifat frontal, artinya dia mengenalkan Islam di tengah masyarakat yang masih menganut kepercayaan Hindu dan Budha.
Masyarakat saat itu sangat menyukai kesenian wayang, gendhing, dan gamelan. Oleh sebab itu, dakwah Sunan Kudus sering disampaikan dengan ketiga media itu. Hal itu dilakukan semata-mata agar agama Islam dapat mudah terterima masyarakat karena menurut maknanya Islam itu damai.
Begitulah alasan Sunan Kudus menggunakan media kesenian untuk berdakwah. Rupanya metode dakwah Sunan Kudus berseberangan dengan prinsip Amir Hasan. Dia menganggap bahwa metode Sunan Kudus ini justru membuat tradisi yang tidak sesuai dengan ajaran agama Islam mengakar kuat dalam masyarakat.
Kelanjutan cerita rakyat Jawa Tengah asal mula nama Karimunjawa, ketika Sunan Kudus hendak berkeliling untuk berdakwah, padepokan diserahkan kepada Amir Hasan yang sudah berilmu setelah nyantri di padepokan Sunan Muria. Kesempatan itu dimanfaatkan oleh Amir Hasan untuk mengajarkan ilmu yang sesuai dengan aturan Islam tanpa menggunakan tradisi kejawen seperti metode ayahnya.
Para santri di padepokan dan masyarakat di sekitar padepokan diajari ilmu agama Islam yang menurut Amir Hasan sesuai dengan syariah Islam yang sebenarnya. Akhirnya, ketika pulang ke padepokan, Sunan Kudus mendapati keadaan yang berubah dan tidak sesuai dengan apa yang diajarkannya. Melihat hal itu, Sunan Kudus sangat murka dan mengusir Amir Hasan karena dianggap melawan ayahnya.