Saat itu Wedana Gunung Ngabehi Warso Adiningrat diangkat menjadi Bupati Wonogiri dengan pangkat Tumenggung Warso Adiningrat. Dari perubahan status ini, wilayah Wonogiri dibagi menjadi 5 kawedanan, yaitu Kawedanan Wonogiri, Wuryantoro, Baturetno, Jatisrono dan Purwantoro.
Pada saat itu, wilayah kekuasaan Mangkunegaran melakukan penghematan anggaran dengan menghapuskan sebagian wilayah kabupaten, yaitu Kabupaten Karanganyar, sehingga wilayah Mangkunegaran manjadi dua, yaitu Kabupaten Mangkunegaran dan Kabupaten Wonogiri. Ini berlangsung sampai tahun 1946.
Setelah Indonesia merdeka pada 17 Agustus 1945, dan dalam perjalanannya hingga tahun 1946, di wilayah Mangkunegaran terjadi dualisme pemerintahan, yaitu Kabupaten Wonogiri masih dalam wilayah monarki Mangkunegaran, dan di lain pihak menginginkan Kabupaten Wonogiri masuk sistem demokrasi Republik Indonesia.
Timbul gerakan antiswapraja yang menginginkan Wonogiri keluar dari sistem Kerajaan Mangkunegaran. Akhirnya disepakati bahwa Kabupaten Wonogiri tidak menghendaki kembalinya Swapraja Mangkunegaran. Sejak saat itu, Kabupaten Wonogiri mempunyai status seperti sekarang, dan masuk sebagai kabupaten yang berada di Provinsi Jawa Tengah.
Asal usul Wonogiri, selain sejarah Raden Mas Said, ada cerita legenda terkait Wonogiri. Salah satunya cerita mengenai seorang pertapa bernama Ki Kesdik Wacana yang kesaktiannya terkenal pada zaman Kerajaan Demak. Dia tinggal di sebuah goa yang dikelilingi pepohonan dan alam yang indah. Penguasa Kerajaan Demak juga berniat untuk menjadikan hutan itu sebagai wisata kerajaan.