Sesuatu yang didapat sebagai oleh-oleh dalam bahasa daerah disebut pengangsalan atau halong, yang kemudian menjadi titik tolak awal penyebutan wilayah Pekalongan.
Meskipun Bahureksa adalah yang pertama membuka hutan Pekalongan, Kesultanan Mataram pada masa pemerintahan Sultan Agung mengangkat seorang bupati pertama di wilayah tersebut.
Bupati pertama yang diangkat adalah Pangeran Mandurorejo, cucu dari Ki Juru Martani, seorang tokoh yang berjasa mendirikan Kerajaan Mataram Islam. Juru Martani adalah orang kepercayaan Panembahan Senapati.
Pelantikan Pangeran Mandurorejo sebagai bupati berlangsung pada tanggal 25 Agustus 1622 (bertepatan12 Rabiul Awal) , menjadi tonggak utama berdirinya Kabupaten Pekalongan.
Meskipun Pekalongan asli masih berupa hutan, beberapa jejak sejarah membuktikan bahwa daerah itu terhubung dengan beberapa kerajaan besar yang lebih tua, termasuk Mataram kuno.