Akibatnya, sebanyak 23 orang yang dianggap bersalah, termasuk KH Zaenal Mustofa sendiri, dibawa ke Jakarta untuk diadili. Namun mereka hilang tak tentu rimbanya.
Besarnya pengaruh KH Zaenal Mustofa dalam pembentukan mental para santri dan masyarakat serta peranan pesantrennya sebagai lembaga pendidikan dan pembinaan umat membuat pemerintah Jepang merasa tidak bebas jika membiarkan pesantren ini tetap berjalan. Maka, setelah peristiwa pemberontakan tersebut, pesantren ini ditutup oleh Jepang dan tidak diperbolehkan melakukan kegiatan apapun.
Sejarah perlawanan rakyat Singaparna Jawa Barat ini menjadi catatan sejarah bagiamana heroiknya para pejuang melakukan perlawanan terhadap penjajah. Mereka berjuang untuk kemerdekaan meski harus meneteskan darah, air mata dan nyawa sekalipun.