Setelah Indonesia memproklamasikan kemerdekaan, Otto menjabat sebagai Menteri Negara pada kabinet pertama Republik Indonesia pada 1945.
Otto bertugas mempersiapkan terbentuknya Badan Keamanan Rakyat (BKR) dari laskar-laskar rakyat yang tersebar di seluruh Indonesia. BKR kemudian berubah menjadi Tentara Keamanan Rakyat (TKR) dan selanjutnya menjadi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia” (ABRI) serta kini berubah menjadi Tentara Nasional Indonesia (TNI).
Saat mengemban tugas itu, ada salah satu laskar rakyat yang diduga tak puas dengan kebijakan Otto. Otto menjadi korban penculikan kelompok Laskar Hitam pada Rabu 31 Oktober 1945.
Pada 20 Desember 1945, Otto ditemukan telah meninggal dunia di Pantai Masuk, Banten. Almarhum Otto lalu dimakamkan di Lembang, Kabupaten Bandung Barat.
Di Lembang terdapat sebuah monumen bernama "Monumen Pasir Pahlawan" yang didirikan untuk mengabadikan perjuangan Otto Iskandardinata.
Atas jasa-jasanya merintis dan mempertahankan kemerdekaan, Otto Iskandardinata diangkat sebagai Pahlawan Nasional berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 088/TK/Tahun 1973, tanggal 6 November 1973.