Keistimewaan Yahya berikutnya, dia telah diberi hikmah (sebagian ulama mengartikannya dengan kenabian) sejak masih anak-anak (QS Surat Maryam:13).
يٰيَحْيٰى خُذِ الْكِتٰبَ بِقُوَّةٍ ۗوَاٰتَيْنٰهُ الْحُكْمَ صَبِيًّاۙ
Artinya: Hai Yahya, ambillah Al-Kitab (Taurat) itu dengan sungguh-sungguh. (QS. Maryam: 12)
Yakni pelajarilah kitab Taurat itu dengan segenap kemampuanmu dan sungguh-sungguh. Yang dimaksud dengan hikmah ialah pemahaman, ilmu, kesungguhan, tekad, dan suka kepada kebaikan serta menekuninya dengan segala kemampuannya, sedangkan saat itu ia masih kanak-kanak.
Abdullah ibnul Mubarak mengatakan bahwa Mamar telah mengatakan bahwa anak-anak berkata kepada Yahya ibnu Zakaria," Marilah kita main-main, hai Yahya!" Yahya menjawab, "Kita diciptakan bukan untuk main-main."
Keistimewaan lainnya ada pada QS Maryam:15. Allah berfirman:
وَسَلٰمٌ عَلَيْهِ يَوْمَ وُلِدَ وَيَوْمَ يَمُوْتُ وَيَوْمَ يُبْعَثُ حَيًّا
"Kesejahteraan atas Yahya pada hari ia dilahirkan, pada hari ia wafat dan pada hari ia dibangkitkan".