Dalam sumber-sumber sejarah, nama Pakuan Pajajaran muncul dalam tiga bentuk yakni Pakuan Pajajaran, Pakuan, Pajajaran.
Sebutan "Pajajaran" secara mandiri hanya ditemukan satu kali dalam Prasasti Kebantenan V, yang menyebutkan "Pun, ini piteket nu séba ka Pajajaran" – artinya "Inilah titah bagi mereka yang menghadap ke Pajajaran."
Namun, dalam banyak naskah lontar dan prasasti, sebutan Pakuan lebih sering digunakan, menandakan bahwa istilah ini mengacu langsung pada ibukota kerajaan.
Sejumlah tokoh dan ilmuwan memiliki pendapat berbeda mengenai arti sebenarnya dari nama Pakuan Pajajaran:
Ahli filologi asal Jawa, Poerbatjaraka, berpendapat kata Pakwan berkaitan dengan kata dalam Bahasa Jawa Pakuwon, yang berasal dari kata kuwu (pemimpin desa). Pakuwon berarti tempat tinggal atau keraton. Dalam Bahasa Kawi, istilah pakwwan juga bermakna tempat tinggal atau pesanggrahan.