Selain itu, pihak Kementerian Agama juga harus mengambil tindakan tegas. Menurut TGB, tidak boleh ada lembaga mengatasnamakan ponpes namun aktivitasnya menciptakan hal yang destruktif.
"Saya mengajak kita semua mempercayakan penanganan Al-Zaytun kepada otoritas ulil amri (pemerintah)," tutur TGB.
TGB pun meminta masyarakat untuk tetap bersabar. Dirinya meyakini, jika dalam waktu dekat ini akan mendapatkan kesimpulan dan penanganan konfrehensif dari pemerintah. "Kita akan tunggu dan percayakan kepada pemerintah," ucap TGB.
Diketahui, Ponpes Al-Zaytun Indramayu disebut bertentangan dengan ajaran Islam. Termasuk dalam pengajaran akhlak. Diantara kontroversi yang ditunjukkan oleh Panji Gumilang adalah salam dengan bahasa Yahudi.
Ponpes Al-Zaytun pernah tersandung kasus menjadi pusat gerakan Negara Islam Indonesia (NII) pada 2011. Ponpes dengan bangunan megah ini disebut tertutup dengan warga sekitar.