Malahayati pernah menjadi Kepala Barisan Pengawal Istana Panglima Rahasia dan Panglima Protokol Pemerintah dari Sultan Saidil Mukammil Alauddin Riayat Syah IV.
Pada 11 September 1599, Malahayati memimpin 2.000 orang pasukan Inong Balee (janda pahlawan yang gugur) untuk berperang melawan kapal serta benteng milik Belanda. Dalam perlawanannya tersebut dia membunuh Cornelis de Houtman dalam pertempuran satu lawan satu di geladak kapal.
Gelar Laksamana kemudian diberikan kepadanya atas keberaniannya tersebut. Beliau meninggal pada tahun 1615 dan dimakamkan di bukit Krueng Raya, Lamreh, Aceh Besar. Gelar Pahlawan Nasional diberikan kepada beliau berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 115/TK/2017 pada 6 November 2017.