Dahulu, Masjid Raya Baiturrahman hanya memiliki satu kubah dan satu menara. Kubah-kubah dan Menara-menara ekstra baru ditambahkan pada 1935, 1958 dan 1982.
Sekarang Masjid Baiturrahman memiliki tujuh kubah dan delapan menara, termasuk yang tertinggi di Banda Aceh. Selain itu Masjid Raya Baiturrahman kini menjadi kebanggaan Masyarakat Aceh.
Genpat dahsyat disusul tsunami melanda Aceh pada 26 Desember 2004. Bencana alam tersebut menghancurkan ribuan rumah hingga gedung. Selain itu masyarakat Aceh banyak yang meninggal dunia digulung gelombang tsunami.
Kejadian ini menyadarkan masyarakat Aceh akan kekuasaan Allah SWT. Setelah kejadian itu, mereka semakin mendekatkan diri terhadap sang pencipta.
Tsunami dengan ketinggian mencapai 15-30 meter itu menghancurkan kota Aceh. Namun, ada keajaiban meski bangunan di sekelilingnya hancur diterpa tsunami, Masjid Baiturrahman tetap berdiri kokoh. Hanya mengalami beberapa retakan pada bagian dinding.