Menurut data BMKG, cuaca di Selat Bali saat pencarian meliputi hujan ringan, kecepatan angin berkisar 4-14 knot dari arah selatan ke barat daya, ketinggian gelombang 0,4-1,25 meter, serta kecepatan arus 0,86-2,06 m/s yang dominan mengarah ke selatan.
KMP Tunu Pratama Jaya dilaporkan mengalami masalah pada Kamis (3/7/2025) dini hari. Sekitar pukul 00.15 WITA, tim operator Pelabuhan Gilimanuk dan salah satu nahkoda kapal lain menerima kode merah dari KMP Tunu Pratama Jaya yang meminta pertolongan karena mengalami kebocoran mesin.
Berselang empat menit, tepatnya pukul 00.19 WITA, KMP Tunu Pratama Jaya dilaporkan mengalami blackout atau mati listrik total di tengah laut, sebelum akhirnya tenggelam. Kapal tersebut membawa total 53 penumpang dalam manifes dan 12 kru kapal, serta mengangkut 22 kendaraan berbagai jenis.