Selanjutnya dilakukan pemeriksaan dokumen-dokumen penerbangan oleh Staf Intel dan Satpomau, dan pemeriksaan Pasport oleh Imigrasi Bandara. Sementara Bea dan cukai serta Karantina hewan dan tumbuhan Bandara melakukan pemeriksaan seluruh barang-barang yang dibawa. Selanjutnya pilot dan kru dibawa ke ruang isolasi di Airnav Batam untuk pemeriksaan lebih lanjut.
Dari hasil pemeriksaan, penerbangan tersebut tidak dilengkapi dengan FC (Flight Clearence) dan FA (Flight Aproval). Kemudian Lanud Hang Nadim Batam berkoordinasi dan melaporkan kejadian tersebut ke Kantor Otoritas Bandar Udara Wilayah II Medan untuk proses penyidikan lebih lanjut oleh pihak PPNS (penyidik pegawai negeri sipil).
Pada pemeriksaan tersebut tidak ditemukan barang barang yang berbahaya atau barang-barang illegal. Saat ini dukungan akomodasi makanan dan penginapan crew pesawat telah dikoordinasikan dengan pihak operator perusahaan pesawat.