Namun saat ini muncul kekhawatiran banyak masjid disinyalir menjadi tempat pengajaran dan penyebaran paham radikalisme yang menjadi bibit-bibit munculnya terorisme. Sesungguhnya kekhawatiran ini bukan tanpa alasan, apalagi di alam kebebasan berbicara seperti saat ini.
Menurut BG, ceramah agama di masjid-masjid saat ini bahkan banyak berisi materi-materi yang mengajak orang untuk “berperang” melawan orang yang berbeda keyakinan dan agama. Ceramah itu juga menggiring para jamaah untuk melakukan kekerasan atas nama agama dan menyebutnya sebagai jihad mulia yang balasannya adalah surga, dan mati di jalan jihad ini mati mulia.
”Banyak generasi muda yang punya semangat keagamaan tinggi, tetapi tidak cermat dan kritis memilah dan memilih sumber referensi akhirnya ikut bergabung demi imajinasi indah yang menyesatkan,” kata purnawirawan jenderal polisi ini.
Di samping itu, bersamaan dengan aktivitas ritual yang dapat dikembangkan di masjid, kelompok intoleran juga telah melakukan sejumlah aksi yang justru merugikan umat Islam. Banyak pengalaman menunjukkan, misalnya, kondisi di Timur Tengah yang hancur pasca-gelombang Arab Springs. Fenomena ini terjadi bermula dari khotbah intoleran dan radikal yang dikembangkan di masjid.
Dalam pandangan BG, khotbah para pengikut intoleran dan radikal berbeda dengan ajaran Islam yang disampaikan Nabi Muhammad SAW yang lebih ditekankan pada penegasan implementasi takwa dalam konteks kehidupan sehari-hari.