Penghargaan bintang jasa Satyalancana Wira Karya juga diperoleh LTH atas usahanya merintis aneka infrastruktur TI publik berbasis data dan komputasi terdistribusi. Tak hanya itu, Habibie Award untuk Bidang Sains pada Tahun 2004 juga tersemat di dirinya. Hal itu bukan tanpa sebab, pasalnya penelitiannya di bidang fisika teori amat berdampak.
LTH sebelumnya dikenal sebagai Kepala Grup Fisika Teori dan Komputansi Pusat Penelitian Fisika LIPI yang menjabat selama 10 Tahun, terhitung sejak 2002 hingga 2012. Lalu, dia diamanahi menjadi Kepala Pusat Penelitian Informatika LIPI dari 2012 sampai 2014.
Kemudian, Handoko pun menduduki posisi Deputi Bidang Ilmu Pengetahuan LIPI sejak 2014. Barulah pada 31 Mei 2018, dia dilantik oleh Menteri Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi (Menristekdikti) saat itu, Mohamad Nasir sebagai Kepala LIPI menggantikan Bambang Subiyanto.