Tujuan Operasi ini untuk memburu dan menangkap pemimpin Fretilin atau Gerakan Pengacau Keamanan (GPK).
Menurut Gerry Van Klinken dalam buku ‘Perang Kota Kecil’ terbitan 2007, keadaan musuh yang dihadapi oleh Nanggala saat itu berbeda dengan pertama kali menyerang Dili. Menurut dia, musuh kali ini lebih agresif dan jumlah musuh yang bertambah banyak.
“Bertambahnya musuh itu dikarenakan rakyat-rakyat Timor-Timur yang kontra integrasi ke Indonesia memilih masuk kedalam pasukan Fretilin dan berjuang bersama untuk merdeka. Di sisi lain pola strategi Fretilin berbeda dari perang kota menjadi perang gerilya,” kata Gerry, dikutip Dwi Surya Arifian, dalam jurnal yang diterbitkan Core.
Pada pelaksanaan operasi ini, Nanggala berhasil direbut wilayah Lebos, Soibada, Holpelec, Lela, Monte Matai, dan Komplek Hehinean. Di akhir masa tugas Nanggala diberikan perintah untuk melakukan operasi intel dan pengamanan teritorial.
Nanggala kini dilibatkan dalam operasi penumpasan KKB di Papua yang terus menebar teror. Nanggala bergerak dalam senyap, mendukung Operasi Pinang Sirih TNI serta Satgas Nemangkawi.