Selain itu, isu tentang adanya “Dewan Jenderal” yang berencana menggulingkan Presiden Sukarno juga memanaskan situasi.
Pada malam 30 September 1965, sekelompok pasukan yang dipimpin oleh Letnan Kolonel Untung Syamsuri dari Batalyon I Tjakrabirawa menculik dan membunuh enam jenderal dan satu perwira pertama TNI AD.
Para korban dibawa ke Lubang Buaya, Jakarta Timur, dan dibunuh di sana. Para korban tersebut adalah:
Setelah peristiwa ini, Mayor Jenderal Soeharto mengambil alih komando dan memimpin operasi penumpasan terhadap PKI.
Dalam waktu singkat, PKI dinyatakan sebagai organisasi terlarang, dan ribuan anggotanya ditangkap atau dibunuh.