Akibat dianggap terkait dengan Pemberontakan PKI Madiun pada 1948, Francisca ditangkap dan dipenjara di Gladak, Surakarta, Jawa Tengah. Ia berhasil lolos dari hukuman mati karena sedang hamil anak pertamanya, Nilakandi Sri Luntowati.
Setelah kongres 1950, Pesindo berafiliasi dengan Partai Komunis Indonesia (PKI) dan berganti nama menjadi Pemuda Rakyat. Sisca sempat menjabat sebagai ketua organisasi tersebut.
Pada 1955, dia beralih menjadi wartawan di kantor berita Antara dan pada 1957 diangkat oleh Presiden Soekarno sebagai anggota Dewan Perwakilan Rakyat Gotong Royong (DPR-GR) dari golongan wartawan. Dia menjabat di Komisi Luar Negeri dan mengunjungi Kuba untuk bertemu Fidel Castro pada 1960 dan 1963.
Pada 1964, Francisca menjadi penasihat Soekarno selama kunjungan ke Aljazair. Setahun kemudian, dia bergabung dengan delegasi Indonesia untuk kongres Organisasi Jurnalis Internasional di Chile.
Ketika Sisca berada di luar negeri pada 1965, peristiwa G30S/PKI meletus di Indonesia dan Soeharto mengambil alih kekuasaan.