Sementara itu, pengaturan mengenai perlindungan terhadap jaksa yang dilakukan TNI diatur dalam Pasal 8 dan Pasal 9 Perpres 66/2025.
"Perlindungan negara yang dilakukan Tentara Nasional Indonesia diberikan kepada jaksa," bunyi Pasal 8 Perpres 66/2025).
Pasal 9 menjelaskan mengenai bentuk perlindungan yang dilakukan TNI. Perlindungan itu dalam bentuk perlindungan terhadap institusi kejaksaan, dukungan dan bantuan personel TNI dalam pengawalan jaksa saat menjalankan tugas dan fungsi, dan bentuk perlindungan lain sesuai dengan kondisi dan kebutuhan yang bersifat strategis.
"Ketentuan lebih lanjut mengenai pelindungan negara oleh TNI ditetapkan bersama Jaksa Agung dan Panglima TNI," bunyi Pasal 10.
Kemudian, Perpres 66/2025 itu juga mengatur pendanaan untuk memberikan perlindungan terhadap jaksa. Pasal 11 dalam Perpres 66/2025 itu menyebutkan pendanaan untuk perlindungan terhadap jaksa yang dilakukan Polri dan Polri bersumber dari anggaran Kejagung dalam APBN. Namun, untuk pendanaan perlindungan yang dilakukan Polri dapat bersumber dari sumber pendanaan lain yang sah dan tidak mengikat sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Tak hanya TNI dan Polri, Perpres 66/2025 juga menyebutkan kejaksaan dapat bekerja sama dengan Badan Intelijen Negara (BIN) dan Badan Intelijen Strategis (Bais) TNI. Kerja sama itu dapat dalam bentuk pendidikan dan pelatihan serta pertukaran data dan informasi.