Persebaran wilayah fauna Indonesia Timur meliputi Kepulauan Maluku dan Kepulauan kecil di sekitarnya, serta Papua dan sekitarnya.
Beberapa jenis fauna yang hidup di wilayah Fauna Indonesia Timur di antaranya.
-Mamalia, terdiri atas kanguru, walabi, beruang, nokdiak (landak Irian), oposum laying, kuskus, kanguru pohon, dan kelelawar.
-Reptilia, terdiri atas buaya, biawak, ular, kadal, dan kura-kura.
-Amfibi, terdiri atas katak pohon, katak terbang dan katak air.
-Burung, terdiri atas nuri, raja udang, cendrawasih, kasuari dan namudur.
Umumnya, faktor-faktor yang mempengaruhi persebaran flora dan fauna adalah sebagai berikut, dikutip dari buku "Supertrik Kisi-Kisi UN" penerbit Grasindo.
Iklim (Klimatik)
Keadaan iklim sangat mempengaruhi persebaran flora dan fauna pada suatu wilayah. Unsur-unsur iklim yang menghambat persebaran adalah suhu, curah hujan, kelembapan udara dan angin.
Keadaan Tanah (Edafik)
Kondisi unsur hara tanah, tekstur tanah, tingkat kegemburan tanah, mineral hara, air tanah (porositas) dan kandungan udara sangat berpengaruh terhadap perkembangan tumbuhan, sedangkan bagi binatang sangat berpengaruh pada pola makanan.